常见的为6—12月幼儿的小儿肠套叠。一般无明显原因，因而称为自发生肠套叠。6—12月往往是幼儿断奶及改变食物的年龄。

有人认为随着食物的改变肠道内细菌也起变化，易引起粘膜下Peyer斑炎症肿胀而诱发肠套叠。幼儿肠套叠大多发生在末段50cm回肠，该处Peyer斑也最多。

肠套叠由三层肠壁组成：外壁为鞘部，套入部又由最内壁和反折壁组成。套入部的最前端为顶部，鞘部的开口处为颈部。套入部系膜血管为鞘部挤压而使套入肠管充血、水肿以至坏死。

肠套叠发生后，只要肠系膜够长且肠管可活动，套入部的顶部可继续向前推进到左侧结肠。

按套入肠的顶部和外鞘颈部肠段的不同可分为不同类型。按照Perin和Lindsay的统计，最多见的为回盲型，占39%，其次为回结型，31.5%，回回型、6.7%和结结型，4.7%，其余为少见类型。